1209-ben, a pápa szóban jóváhagyta Assisi Ferenc és a hozzá csatlakozott tucatnyi férfi életszabályait és nevüket így határozta meg: Fraters Minores, azaz kisebb testvérek. Ezt a dátumot, 1209-et, a ferences rend megalakulásának időpontjaként tarjuk számon.
1525-ben Matteo Bascio egyszerű ferences szerzetes elhatározta, hogy a legkisebb részletekben is követni kívánja Szent Ferenc példáját. Matteo testvér elzarándokolt Rómába, ahol kérésére VII. Kelemen pápa az új rend jogi alapjait bullában fektette le 1528-ban. Engedélyezte, hogy Matteo és követői szó szerint megtarthassák a ferences regulát, és bűnbánatot hirdetve prédikálhassanak. Visszatértek a szakállviselethez, hegyes csuklyával ellátott durva tunikát öltöttek. Ennek a csuklyának a nevéből ered a kapucinus elnevezés, ezt a nevet azonban csak 1534-ben kapták meg. Egy évszázad elteltével Európában a kapucinus rend 42 tartományában, 1260 kolostorban közel 17 ezer kapucinus szerzetes élt.
A kapucinus rend megalakulását követően hazánkban már a 16. század végén megjelentek a kapucinus szerzetesek, mint a háborúban a török ellen harcoló pápai hadak lelkészei. Találkozunk velük 1595-ben Esztergom ostrománál, 1597-ben a váci ütközetben, 1601-ben Kanizsa ostrománál, és Brindisi Szent Lőrinc vezetésével a csókakői csatában.
Aviánói Márk (1631-1699) olasz kapucinus szerzetes, tábori lelkész, nagy érdemeket szerzett a törökellenes felszabadító hadjárat megszervezésében. Az ő tevékenysége tette népszerűvé és híressé Magyarországon a kapucinus rendet. Sokan úgy gondolták, hogy a török uralom után hazánk megszilárdításában, a szegény nép felemelésében a kapucinusok Szent Ferenc szellemével hatalmas tényezőkké lehetnek Magyarország újjáépítésében. Így gondolkozhatott Széchényi György (1605/1606–1695) esztergomi érsek, hercegprímás is, aki a pápától és a kapucinus rend egyetemes főnökétől kapucinusokat kért, és adományt tett a kapucinus rend javára, megalapítva a budai kapucinus kolostort.